上庫天后宮相傳始建於明代，主祀境主天上聖母，主奉李府水仙王、張府厲王爺、廠官爺和大士爺。在民國八十五年保生大帝廟未重建之前，廟內天上聖母保生大帝同祀。在前清時期，從上庫、上林到下林一帶是大片鹽場，來自福建內地的船隻在廟前泊靠販運食鹽，運銷內地，為上庫帶來不少財富，天后宮也為因應船泊之航行而建。
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