施公祠原稱施將軍廟,按,可確證此廟係施琅平臺封靖海候後所建之生祠,最遲不會晚於康熙35年(1696)。道光年間加祀海璮殉職之官兵,故不專稱將軍廟,而改稱施公祠。日治後,廟址(媽宮澳東街、今署立澎湖醫院處)於大正3年(1914)被徵用,闢為醫院院舍,故與海壇館一同遷建於中央街今址,神像初置於海壇標兵之伙房供祭祀,復由施琅部屬之後代項秀明於是年重建。目前依文化資產保存法公告為縣(巿)定古蹟。
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