南瀛科學教育館座落於台南市大內區二重溪段之山坡地上,基地由四個獨立丘陵相連而成,獨立丘陵間形成兩道南北向帶狀的谷地,具有天文觀測及生態豐富的優勢。基地東北方泥岩分佈,經雨水沖刷形成"月世界"的特殊景觀;西南方曾文溪沖刷而成的平原則是中央山脈地勢造成水由高處往低處流的證明之一,有山有水,四周景觀優美。
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