明朝永曆十六年〈公元一六六年〉秋九月大興土木,廟名「保安宮」,最初奉祀天上聖母,推算清同治年間,廟宇被洪水沖毀,廟毀之後,在土城海岸拾獲五府王爺神像,日據時代,大正二年,由莊民發動重建廟宇。大正十年廟宇落成,從台南市海安宮、水仙宮,迎回寄普的「天上聖母」,與五府王爺共祀廟內。廟凡二殿,前殿祀五王,後殿祀媽祖與佛祖。民國49年5月,原「保安宮」申請更改廟名為「正統鹿耳門聖母廟」,延用至今。
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