園區內現有三條支線,其中「祝山線」為國人自建的第一條高山鐵路,專供前往祝山觀日出的遊客搭乘。「眠月線」為觀光之用,除了沿途美景以外,終點還有著名的石猴遊憩區(目前因921地震及莫拉克風災毀損,尚在維修中暫不開放)。「神木線」則穿越園區,至巨木參天的神木區。而早年所遺留下來的25、26及31號蒸汽火車,經老師傅的妙手回春修復,已能恢復運轉,並以動態保存方式讓遊客搭乘與觀賞。
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